Strukturę organizacyjną Prokuratury Apelacyjnej w Szczecinie określa Zarządzenie Nr 32/10 Prokuratora Apelacyjnego w Szczecinie z dnia 13 kwietnia 2010 roku.

Tworzą ją następujące komórki organizacyjne:

1. Wydział I Organizacji Pracy Prokuratur

Do podstawowych zadań Wydziału, należą sprawy:

1. organizacyjne i kadrowe,
2. przygotowywania posiedzeń zgromadzenia prokuratorów i kolegium prokuratury apelacyjnej,
3. szkoleń prokuratorów, pozostałych pracowników prokuratury oraz aplikantów prokuratorskich,
4. działalności rzecznika dyscyplinarnego,
5. udostępniania informacji publicznej,
6. skarg i wniosków,
7. kontaktów z mediami,
8. sprawozdawczości i statystyki,
9. nadzoru nad biurowością i pracą sekretariatu.

Wydziałem Organizacji Pracy Prokuratur kieruje Naczelnik Wydziału.

Funkcjonujący w Wydziale I Organizacji Pracy Prokuratur, Dział do Spraw Informatyzacji i Analiz obejmuje zakresem swojego działania:

1. wykonywanie zadań związanych z administrowaniem przez prokuratora apelacyjnego danymi w systemach informatycznych,
2. koordynowanie wprowadzania do praktyki w prokuraturach okręgowych ogólnopolskich oraz lokalnych systemów informatycznych,
3. prowadzenie stanowiska dostępowego do Krajowego Centrum Informacji Kryminalnych,
4. zapewnienie technicznej obsługi czynności związanych z zastosowaniem w postępowaniu karnym technik informatycznych,
5. zapewnienie przestrzegania zasad bezpieczeństwa systemów informatycznych oraz ochrony danych osobowych w prokuraturze apelacyjnej i prokuraturach okręgowych,
6. dokonywanie analizy kryminalnej,
7. prowadzenie strony internetowej prokuratury apelacyjnej,
8. obsługi Biuletynu Informacji Publicznej,

Działem do Spraw Informatyzacji i Analiz kieruje Kierownik Działu.

Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Prokurator Apelacyjny.

2. Wydział II Postępowania Sądowego

Do podstawowych zadań Wydziału, należy:

1. udział prokuratorów w postępowaniu odwoławczym przed sądem apelacyjnym w sprawach karnych,
2. udział prokuratorów w postępowaniu odwoławczym przed sądem apelacyjnym w sprawach cywilnych, ze stosunku pracy, ubezpieczeń społecznych i gospodarczych,
3. udział prokuratorów w postępowaniu przed sądami administracyjnymi,
4. nadzór nad udziałem prokuratorów prokuratur okręgowych i rejonowych w postępowaniu przed sądem i innymi organami,
5. kształtowanie praktyki prokuratorskiej w zakresie postępowania sądowego,
6. analiza orzecznictwa sądu apelacyjnego i wojewódzkiego sądu administracyjnego oraz badanie zasadności i poziomu środków zaskarżenia wnoszonych przez podległe jednostki organizacyjne.

Wydziałem Postępowania Sądowego kieruje Naczelnik Wydziału.

Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Zastępca Prokuratora Apelacyjnego.

3. Wydział III Nadzoru nad Postępowaniem Przygotowawczym

Do podstawowych zadań Wydziału, należy:

1. wykonywanie nadzoru instancyjnego w zakresie środków odwoławczych rozpoznawanych przez prokuratora nadrzędnego oraz innych form nadzoru procesowego,
2. sprawowanie zwierzchniego nadzoru służbowego oraz kontroli nad śledztwami prowadzonymi w prokuraturach okręgowych,
3. koordynowanie i kontrola prawidłowości sprawowania nadzoru służbowego nad postępowaniem przygotowawczym przez prokuratury okręgowe,
4. koordynowanie działalności w zakresie ścigania przestępstw, prowadzonej przez inne organy,
5. kształtowanie praktyki w zakresie zwalczania przestępczości na podstawie badań akt, analiz informacji przekazywanych przez prokuratury okręgowe oraz innych ustaleń,
6. rozstrzyganie sporów kompetencyjnych,
7. obrót prawny z zagranicą. 
   

Wydziałem Nadzoru nad Postępowaniem Przygotowawczym kieruje Naczelnik Wydziału.

Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Prokurator Apelacyjny.

4. Wydział IV do spraw Wizytacji i Okresowej Oceny Prokuratorów

Do podstawowych zadań Wydziału, należy:

1. przeprowadzanie wizytacji i lustracji prokuratur okręgowych oraz koordynowanie działań podległych prokuratur okręgowych w tym zakresie,
2. przeprowadzanie innych działań o charakterze kontrolnym i analitycznym na podstawie badań akt oraz innych ustaleń w szczególności w sferze postępowania karnego i działalności pozakarnej na obszarze działania prokuratury apelacyjnej,
3. dokonywanie ocen pracy prokuratorów wykonujących czynności w podległych prokuraturach okręgowych,
4. wykonywanie zadań z zakresu dokonywania ocen kwalifikacyjnych pracowników prokuratury apelacyjnej.

Wydziałem do spraw Wizytacji i Okresowej Oceny Prokuratorów kieruje Naczelnik Wydziału.

Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Prokurator Apelacyjny.

5. Wydział V do spraw Przestępczości Zorganizowanej i Korupcji

Do podstawowych zadań Wydziału, należy:

1. prowadzenie i nadzorowanie postępowań przygotowawczych w sprawach o przestępstwa:
1. o charakterze terrorystycznym,
2. noszące cechy zorganizowanej przestępczości,
3. korupcji, a w szczególności łapownictwa w organach władzy ustawodawczej, organach administracji rządowej, samorządu terytorialnego, wymiaru sprawiedliwości, ścigania i kontroli,
4. inne, które ze względu na wagę sprawy, zostały przekazane przez prokuratora apelacyjnego do prowadzenia w wydziale;
2. udział prokuratorów w postępowaniu sądowym w sprawach wymienionych w pkt-cie 1 rozstrzyganych w pierwszej i drugiej instancji oraz w toku czynności sądowych w postępowaniu przygotowawczym.

Wydziałem do spraw Przestępczości Zorganizowanej i Korupcji kieruje Naczelnik Wydziału.

Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Zastępca Prokuratora Apelacyjnego.

6. Wydział VI Budżetowo-Administracyjny

Kierowany przez Dyrektora Finansowo-  Administracyjnego

Do podstawowych zadań Wydziału, należy:

1. zapewnienie prawidłowego wykonywania zadań i funkcji przez dysponenta budżetu odpowiednio drugiego i trzeciego stopnia,
2. prowadzenie rachunkowości,
3. zapewnienie prawidłowego wykonywania zadań związanych z udzielaniem zamówień publicznych, w rozumieniu ustawy z dnia 29 stycznia 2004r. – Prawo zamówień publicznych,
4. obsługa administracyjno-gospodarcza,
5. prowadzenie inwestycji i remontów,
6. prowadzenie spraw socjalno-bytowych,
7. zapewnienie ochrony przeciwpożarowej oraz bezpieczeństwa i higieny pracy.

Bezpośredni nadzór nad pracą Wydziału sprawuje Prokurator Apelacyjny.

7. Samodzielny Dział do spraw Ochrony Informacji Niejawnych 

Kierowany przez pełnomocnika do spraw ochrony informacji niejawnych, obejmujący swoim zakresem działania:

1. zapewnienie ochrony informacji niejawnych wytwarzanych, przetwarzanych, przekazywanych lub przechowywanych w Prokuraturze Apelacyjnej,
2. zapewnienie ochrony systemów i sieci teleinformatycznych, w których są wytwarzane, przetwarzane, przechowywane lub przekazywane informacje niejawne,
3. przeprowadzanie postępowań sprawdzających,
4. szkolenie pracowników w zakresie ochrony informacji niejawnych,
5. prowadzenie kancelarii tajnej,
6. kontrolę ochrony informacji niejawnych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji
7. okresową kontrolę ewidencji materiałów i obiegu dokumentów niejawnych,
8. zapewnienie ochrony fizycznej obiektu Prokuratury Apelacyjnej, w tym kontrola ruchu osobowego w tym obiekcie,

Pracą kancelarii tajnej kieruje kierownik a oddziału kancelarii tajnej wyznaczony przez pełnomocnika ochrony pracownik działu ochrony.

Bezpośredni nadzór nad pracą Samodzielnego Działu do spraw Ochrony Informacji Niejawnych sprawuje Prokurator Apelacyjny.

8. Samodzielne stanowisko pracy – starszy inspektor do spraw obronnych obejmujące swoim zakresem działania realizację zadań w zakresie obronności państwa, zgodnie z przepisami ustawy z dnia 21 listopada 1967r. o powszechnym obowiązku obrony Rzeczypospolitej Polskiej (t.j. z 2004r. Dz. U. Nr 241, poz. 2416 z późn. zmianami) i innych ustaw oraz wydanych na ich podstawie aktów wykonawczych.

Podległe bezpośrednio Prokuratorowi Apelacyjnemu.

9. Samodzielne stanowisko pracy – audytor wewnętrzny, obejmujące swoim zakresem działania:

1. systematyczną ocenę kontroli zarządczej w szczególności pod kątem adekwatności, skuteczności i efektywności,
2. czynności doradcze

Podległe bezpośrednio Prokuratorowi Apelacyjnemu.

10. Sekretariat  -  w skład którego wchodzą: biuro podawcze, archiwum zakładowe, składnica dowodów rzeczowych.

Kierowany przez kierownika sekretariatu i wykonujący prace:

1. kancelaryjno-biurowe,
2. pomocnicze w sprawach załatwianych przez prokuratorów lub –  w zleconym zakresie – przewidziane w ustawach czynności formalnoprawne, które nie są zastrzeżone do wyłącznej kompetencji prokuratora,

nad którym bezpośredni nadzór sprawuje Naczelnik Wydziału Organizacji Pracy Prokuratur.

Szczegółowy zakres zadań i czynności prokuratorów, urzędników i innych pracowników Prokuratury Apelacyjnej w Szczecinie ustalony jest w odrębnych zarządzeniach.